RNA-Extraktion aus FFPE-Gewebe

Das Agencourt FormaPure-System bietet einen einfachen, automatisierungsfreundlichen Prozess zur Extraktion der Gesamt-Nukleinsäure aus FFPE-Gewebeproben (Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded). Durch Nutzung der paramagnetischen, bead-basierten Solid Phase Reversible Immobilization (SPRI)-Technologie entfallen mit dem Agencourt FormaPure-System zusätzliche Schritte wie Vakuumfiltration, Zentrifugierung oder der Einsatz von organischen Lösungsmitteln wie Phenol oder Xylen zur Deparaffiniesierung. Wissenschaftler können den Prozess von der Deparaffinisierung bis zur Gesamtnukleinsäure-Extraktion von 96 Proben in einem Multi-Well-Format mit der Beckman Coulter Biomek NXP oder FXP Span-8-Workstation in ungefähr vier Stunden (ohne Einrichtung) durchführen.

FormaPure RNA Workflow Steps

overview

  • Hohe Ausbeute und Reinheit von RNA oder Gesamt-Nukleinsäure
  • Keine Zentrifugierung, Vakuumfiltration oder Lösungsmittel erforderlich
  • Unterstützt automatische oder manuelle Extraktionsmethoden
  • Anwendung:  Isolierung der Gesamt-RNA oder der Gesamt-Nukleinsäure aus FFPE-Gewebeproben
    Downstream-Anwendungstechniken: qRT-PCR, microarray

    Prozessüberblick

    A - B. Lyse von Gewebe und Freisetzung von Nukleinsäuren.1. Bindung von Nukleinsäuren an magnetische Beads  2. Separation von Beads 3. Waschung der Ausbeute-Produkte mit 70-prozentigem Ethanol 4.Waschung mit Isopropanol zur Abscheidung von Verunreinigungen 5. Waschung mit 70-prozentigem Ethanol 6. Elution von Nukleinsäuren aus magnetischen Partikeln.

    Gewinnung fragmentierter Nukleinsäure

    Die Fixierung von Gewebeproben in Formaldehyd kann zu einer umfangreichen Vernetzung von Gewebebestandteilen führen. Die Qualität von Nukleinsäure hängt von einer Vielzahl von Faktoren ab, wie etwa der Durchführung der Formalinfixierung, dem Alter der Probe, der Lagerbedingungen usw. Wie in Abbildung 1 gezeigt, wurde Nukleinsäure diverser FFPE-Probentypen und -Altern mit dem Agencourt FormaPure-Prozess isoliert und erfolgreich mittels PCR amplifiziert.

    Konsistente RNA-Reinheit

    Das Agencourt FormaPure-System ermöglicht eine konsistent hohe RNA-Ausbeute und -Reinheit. Tabelle 1 umfasst Daten von fünf biologischen Rattenlungen-FFPE-Replikaten, die mittels Agencourt FormaPure aufgereinigt wurden. Es zeigten sich konsistente Verhältnisse von 1,79 bis 1,83 für 260/280 und 1,06 bis 1,21 für 260/230. Die Agilent*-Bioanalyzer-Traces derselben Proben zeigen eine konsistente RNA-Reinheit und Fragmentgewinnung (Abbildung 2).
      
    Rat Lung
    Replicates
    OD
    260/280
    OD
    260/230
    RNA
    Concentration
    (ng/µL
    )
    Volume
    (µL)
    Amount
    (Ug)
    1 1,79 1.21 288.99 35.00 10.11
    2 1.83 1.14 439.80 35.00 15.39
    3 1.79 1.07 538.57 35.00 18.85
    4 1.80 1.10 629.80 35.00 22.04
    5 1.80 1.06 513.13 35.00 17.96

    Tabelle 1.Betastellen-Daten für RNA, die mittels Agencourt FormaPure aus FFPE-Rattenlungengewebe aufgereinigt wurde. Für jedes Replikat wurde ein 10-Mikron-Schnitt verwendet.

    Zusammenfassung

    Das Agencourt FormaPure-System kann sowohl Gesamt-Nukleinsäure als auch Gesamt-RNA extrahieren und bietet ausgezeichnete Ausbeute und Reinheit sowie einen automatisierungsfreundlichen Prozess. Mittels dieser Technologie lassen sich Nukleinsäuren aus einer breiten Vielfalt an Gewebetypen zur Nutzung beispielsweise in der SNP-Genotypisierung, Genexpression und Sequenzierung aufreinigen. Durch die Nutzung paramagnetischer Beads sind keine Zentrifugierung, Vakuumfiltration oder chemische Lösungsmittel erforderlich. Das Agencourt FormaPure-System trägt zusammen mit den Beckman Coulter Biomek NXP oder FXP Span-8-Workstations dazu bei, die umfangreichsten aktuellen biologischen Fragen zu beantworten.

    Agencourt FormaPure RNA Reagent Kits

    Part Number Product Name Kit Size Format Listenpreis Kaufen

    50 Preps

    Liquid

    €459.70

    Preps

    Liquid

    €660.40

    Product Specifications

    Application Uses RNA Isolation, RNA Extraction, RNA Sequencing, Nucleic acid sample prep
    Format Liquid
    Starting Sample Material FFPE (formalin fixed paraffin embedded) tissue.
    Nucleic Acid Sample RNA
    Automated Available Yes
    Item Specifications Referenced C19158

    Brochures & Other Materials

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