Sequenzierung
Kostengünstige, hocheffiziente Erstellung von Bibliotheken
Echo Liquid Handler ermöglichen die Erstellung von Bibliotheken mit kleinsten Mikrolitervolumen für eine Vielzahl an Sequenzierungsverfahren, einschließlich der Sequenzierung nach Sanger, 16S und Next-Generation-Sequenzierung (NGS). Dadurch werden Reagenzkosten entscheidend gesenkt, Proben gespart und Workflowschritte eliminiert – das alles bei gleichzeitiger Verbesserung der Bibliotheksqualität und des Durchsatzes.
Bei der Sequenzierung nach Sanger sind die Kosten des BigDye-Reagenz ein einschränkender Faktor. Durch den Einsatz des Echo Liquid Handlers können die Sequenzierungsvolumina von 10 µL auf 2,5µL reduziert und damit pro Reaktion 4-fache Kosteneinsparungen erzielt werden.
Die 16S rRNA-Sequenzierung ist seit langem das bevorzugte Verfahren von Mikrobiomforschern. Mit dem Echo Liquid Handler kann nicht nur die 16S rRNA-Sequenzierung miniaturisiert werden, sondern die Kostensenkung des NGS-Reagenz ermöglicht es Wissenschaftlern außerdem, auf die miniaturisierte Shotgun-Sequenzierung umzusteigen.
Bei der Sequenzierung nach Sanger sind die Kosten des BigDye-Reagenz ein einschränkender Faktor. Durch den Einsatz des Echo Liquid Handlers können die Sequenzierungsvolumina von 10 µL auf 2,5µL reduziert und damit pro Reaktion 4-fache Kosteneinsparungen erzielt werden.
Die 16S rRNA-Sequenzierung ist seit langem das bevorzugte Verfahren von Mikrobiomforschern. Mit dem Echo Liquid Handler kann nicht nur die 16S rRNA-Sequenzierung miniaturisiert werden, sondern die Kostensenkung des NGS-Reagenz ermöglicht es Wissenschaftlern außerdem, auf die miniaturisierte Shotgun-Sequenzierung umzusteigen.
Erstellungskosten für Bibliotheken um das 100-fache senken
Verglichen mit herkömmlichen Liquid Handler-Systemen kann mit dem Echo Liquid Handler bei der NGS-Bibliothekerstellung das Reaktionsvolumen um das 100-fache reduziert werden, wodurch gravierende Kosteneinsparungen bei Reagenzien erzielt werden.Vergleich von Liquid Handling-Verfahren
| Manuelle Pipettierung | Echo® Liquid Handler | |
| DNA-Menge | 50ng | 0.06 - 2.0 ng |
| DNA-Volumen (Rxn) | 25µL | 200 nL |
| Bibliothekerstellungsvolumen (Rxn) | 25 µL | 300 nL |
| Gesamtvolumen | 50 µL | 0.5 µL |
| Reaktionen pro Satz | 96 | 9600 |
| Kosten pro Reaktion | $72.91 | $0.73 |
Transfervolumen um mindestens 75 % reduzieren
Bei der Skalierung von NGS-Sequenzierungsprogrammen sind die Kosten der Bibliothekerstellung ein einschränkender Faktor. Dank der akustischen Low-Volume-Transferfähigkeiten des Echo Liquid Handler können Forscher die Anzahl der generierten Bibliotheken unter Einhaltung der aktuellen Budgets entscheidend erhöhen.
Nextera XT NGS Library Prep
Genomic Reagents Portfolio
Our reagents are powered by Solid Phase Reversible Immobilization or SPRI technology, which uses SPRI paramagnetic beads to selectively bind nucleic acids by size. It’s ideal for nucleic acid extraction from cells, tissue, blood and even challenging formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples.
* Low-cost, high-throughput sequencing of DNA assemblies using a highly multiplexed Nextera process. Shapland et al. ACS Synth. Biol., 2015
Video: Echo Liquid Handling for Next-Gen Sequencing
Helpful Publications
Nature: Isolation and characterization of novel mutations in the pSC101 origin that increase copy numberBMC Genomics: Fluorescent amplification for next generation sequencing (FA-NGS) library preparation