Die CytExpert-Software trennt Kompensations- und Probenerfassungsexperimente in separate Dateien mit den Endungen .xitc bzw. .xit. Der Versuchsbediener kann wählen, welches zuerst ausgeführt werden soll.

1. Wenn eine neue, automatisierte Kompensation erforderlich ist, erzeugen Sie diese wie folgt:
   
   1. Bereiten Sie alle notwendigen ungefärbten und einfarbigen Kontrollen mit Kompensations-Beads oder -zellen vor.
   2. .Wählen Sie New Compensation (Neue Kompensation)im Menü Datei, benennen Sie die Datei und klicken Sie auf Save (Speichern).
   3. Wählen Sie die Kanäle aus, die kompensiert werden sollen, und wählen Sie dann Sample Type (Probentyp) der vorbereiteten Kontrollröhrchen aus. Unmarkierte Röhrchen werden für das Experiment nicht benötigt. Wählen Sie OK.
      Hinweis: Kennzeichnungs- und Chargennummerninformationen können auf Wunsch in der Kompensationsbibliothek eingegeben und gespeichert werden.
      
      CytExpert erstellt automatisch eine Liste passender leerer Röhrchen im Bereich „Tube“ (Röhrchen) sowie alle erforderlichen Plots, um die positiven und negativen Populationen mit Gates zu versehen.
      
   4. Laden Sie die entsprechenden ungefärbten oder einfarbigen Proben-Fluorospheren oder Zellen, und wählen Sie im Erfassungsbereich (Ausführen) aus.
   5. Falls erforderlich, passen Sie das Lichtstreuungs-Gate so an, dass es die gewünschte Population umschließt. Stellen Sie die Schiebereglerskala auf dem Fluoreszenzplot so ein, dass die negativen und positiven Peaks an einer geeigneten Position erscheinen. Bewegen Sie die positiven und negativen Gates so, dass die entsprechenden Peaks eingeschlossen werden.
   6. Sobald sich die Gates an den gewünschten Positionen befinden, wählen Sie (Aufzeichnen) aus.
   7. Wiederholen Sie die Schritte d–f für alle Röhrchen.
   8. Nachdem Sie die Daten für alle erforderlichen Kompensationsproben gesammelt haben, erzeugen Sie die Kompensationsmatrix, indem Sie Compensation Calculation (Kompensationsberechnung) in der Werkzeugleiste oder im Menü Settings (Einstellungen) auswählen.
      
   9. Das Fenster „Compensation Matrix“ (Kompensationsmatrix) öffnet sich und zeigt die berechneten Kompensierungswerte. Save As (Speichern unter) auswählen und den Speicherpfad angeben, um die Kompensationsmatrix als .comp-Datei zu exportieren. Save To Compensation Library (In Kompensationsbibliothek speichern) auswählen, um die einfarbigen Kompensierungswerte in der Kompensationsbibliothek zu speichern. Wählen Sie OK aus, und wählen Sie Close (Schließen).
   10. Um die Kompensationsmatrix in der Bibliothek zu speichern oder zu überschreiben, Open (Öffnen) Sie das Kompensationsexperiment und starten Sie die Kompensationskontrolle. Berechnen Sie nach Abschluss die Kompensation. Speichern Sie dann die Kompensationsbibliothek mit der dafür vorgesehenen Schaltfläche unter der Kompensationsmatrix (Pop-up). „Save as Comp Matrix“ (Als Komp-Matrix speichern), „Save as Comp Library“ (Als Komp-Bibliothek speichern). Wählen Sie einen Namen.
       Kurz-Tipp: Um die Kompensation rückwirkend anzuwenden (zuerst mit einem Experiment beginnen und dann die Kompensation anwenden), öffnen Sie ein Experiment und analysieren Sie Ihre Proben. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Probe, es erscheint ein Kasten „Apply Compensation“ (Kompensation anwenden). Neben Ihrem Röhrchen befindet sich ein deutlich kariertes Symbol/Kästchen (ganz links), klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Symbol, um die Kompensationsmatrix anzuwenden. Wählen Sie von dort aus Ihre Matrix aus. Wenden Sie dann die Kompensation auf alle Röhrchen an.