Erstellung von Bibliotheken für Next-Generation-Sequencing (NGS)
Die Erstellung von Bibliotheken für Next-Generation-Sequencing ist ein aufwändiger Prozess, der je nach Art der Bibliothek von 2,5 Stunden bis zu mehreren Tagen in Anspruch nehmen kann. Dabei muss sorgfältig dokumentiert werden, welche Proben welche Adapter erhalten haben. Werden alle Proben und Reagenzien von Hand pipettiert, kann es zu Ungleichmäßigkeiten kommen, sodass letztlich wertvolle Proben unbrauchbar werden. Durch eine Automatisierung der Bibliothekserstellung für NGS, lassen sich solche mit der manuellen Bearbeitung einhergehenden Fehlerquellen auf ein Minimum reduzieren. Automationslösungen von Beckman Coulter Life Sciences sind dafür konzipiert, Ihnen bei schwierigen Schritten unter die Arme zu greifen, ganz gleich, ob es um eine robuste Automation für einige wenige Proben oder eine Hochdurchsatzlösung zur Steigerung Ihrer Kapazität geht.
Biomek Workstations sind konfigurierbar für jeden Workflow-Bedarf von Transfers im Mikroliter- bis Milliliter-Maßstab für die Isolierung von Nukleinsäuren aus Primärröhrchen bis hin zur Erstellung von sequenzierungsbereiten Bibliotheken. Mit dem Echo Acoustic Liquid Handler, der Transfers im Nanoliter- bis Mikroliter-Maßstab ermöglicht, lassen sich die Kosten der Bibliothekserstellung durch Miniaturisierung des Reaktionsvolumens und akustische, kontaktlose Transfers senken.
Beispiel eines NGS-Workflows
Biomek Workstation-Lösungen für NGS
Biomek Workstations bieten Ihnen maximale Flexibilität bei der Tagesplanung durch höheren Durchsatz, höhere Effizienz und weniger manuelle Arbeitsschritte. Die Biomek-Methoden werden in Zusammenarbeit mit führenden Technologieanbietern unter Verwendung von realen Proben entwickelt. Diese Biomek-Methoden können gänzlich unbeaufsichtigt laufen und durch optionale Start- und Stopp-Punkte entsprechend den Empfehlungen des Kit-Herstellers ergänzt werden.
Die Biomek Workstations sind skalierbare Automationslösungen für die NGS-Probenaufbereitung, die sämtliche Workflow-Schritte von der Extraktion bis zur Bibliothekserstellung abdecken. Die Biomek-Konfigurationen sind flexibel und umfassen unter anderem On-Deck-Inkubation, Abtrennung von Magnetpartikeln, Schütteln sowie optional Einhausungen und On-Deck-Thermocycling entsprechend den Anwenderanforderungen.
Biomek Workstation mit einem Echo Liquid Handler
Der Einsatz der Biomek Workstation mit einem Echo LH gestattet eine vollständige Automatisierung des Workflows mit den Vorteilen von akustischen Flüssigkeitstransfers. Der Echo LH kann direkt in die Biomek Workstation integriert werden, sodass die Echo-Anwendungsprotokolle über die Workstation gesteuert werden und die Geräte im Zusammenspiel komplexe Workflows bewältigen können. Dies wird ergänzt durch integriertes Mischen, Schütteln und Thermocycling auf der Biomek Workstation, sodass ein gänzlich unbeaufsichtigter Betrieb möglich ist.
- Direkte Integration des Echo LH, sodass Platten über Biomek-Methoden mit Echo-Anwendungsprotokollen verarbeitet werden können
- Automatisierung von Protokollen, die auf dem Echo LH als eigenständigem Gerät entwickelt wurden, durch Biomek-Methoden möglich
Ausführung eines oder mehrerer Echo-Protokolle über Biomek-Methoden
- Ausführung eines vollständigen Echo-Protokolls oder selektive Verarbeitung ausgewählter Platten im Echo-Protokoll
- Volle Verfügbarkeit aller Funktionen in der Echo-Anwendungssoftware, einschließlich identischer Well-Inhalte und Echo-Anwendungsberichte
- Visuelle Zuweisung von Platten zu den Echo-Protokollen oder Verwendung von Platten mit Barcode in Verbindung mit einer Echo-Picklist-Transferdatei
- Zuordnung von Well-Volumen-, Pipettierungs- und Ausnahmedaten des Echo LH zu mit der Biomek-Methode verarbeiteten Platten für zusätzliche Berechnungen und Berichterstellung
Biomek 4000 Workstation
Die für neu in die Automation einsteigende Labore gedachte Biomek 4000 Workstation automatisiert NGS-Workflows, sodass nur noch ein Minimum an Benutzereingriffen erforderlich ist.
- Erweiterung auf 12 Deckpositionen durch 4 Off-Deck-Komponenten
- Flexibilität durch Auswahl zwischen 1-Kanal- und 8-Kanal-Pipettenkopf und automatischen Wechsel bei laufendem Betrieb
Biomek i7 Workstations
Die Biomek i7 Workstation bietet eine Lösung mit gänzlich unbeaufsichtigtem Betrieb für Labore mit hohem Durchsatz, die einen maximale Return on Investment (ROI) ermöglicht.
- Geräumige, offene Plattform mit 45 Deckpositionen für Hochdurchsatzanwendungen
- Unterschiedliche Konfigurationen entsprechend dem Workflow-Bedarf, z. B. Hybrid-Workstation mit Multichannel- und Span-8-Pipettenkopf und zwei voneinander unabhängigen Greifern; weitere Pipettierkonfigurationen möglich
Biomek i5 Workstations
Die Biomek i5 Workstation für Labore mit mittlerem bis hohen Durchsatz ermöglicht eine skalierbare Automation, die mit steigenden Workflow-Anforderungen mitwächst.
- 25 Deckpositionen für Workflows mit mittlerem Durchsatz
- Multichannel oder Span-8 mit Greiferoptionen entsprechend den Spezifika des jeweiligen Workflows
Echo Liquid Handler für NGS
Die akustische Echo Liquid Handling (LH) Technologie revolutioniert Genomikanwendungen, indem sie Schallenergie nutzt, um äußerst genaue, automatisierte, kontaktlose Transfers von Flüssigkeiten im Nanoliter- bis Mikroliter-Maßstab ohne Einsatz von Pipettenspitzen zu realisieren. Mithilfe des Transducers und der proprietären dynamischen Flüssigkeitsanalyse erfolgt der Flüssigkeitstransfer in hoher Geschwindigkeit mit mehreren Tropfen pro Sekunde. Die Transfers können in unter einer Sekunde von jedem beliebigen Well der Quell-Mikrotiterplatte zu jedem beliebigen Well der Zielmikrotiterplatte erfolgen.
- Genaue und präzise Transfers im Nanoliter- und Mikroliter-Maßstab (bis zu 8 % VK und bis zu 10 % Ungenauigkeit) bei nur 25 nl Mindestvolumen
- Reduzierung des Reaktionsvolumens wertvoller Reagenzien durch Pipettierung von Nanoliter-Mengen, z. B. Kostensenkung um den Faktor 20 beim Tagmentation-Schritt des Nextera XT-Workflows1
- Geringere Gefahr von Kreuzkontaminationen dank kontaktloser Pipettierung
- Reduzierung des Zeitbedarfs für Barcoding/Indexierung, Standardisierung und Pooling dank kontakt- und spitzenloser Transfers für effiziente Workflows, z. B. Verkürzung der Rüstzeit für die Pipettierung konzentrierter Oligo-Lösungen: > 60 % Zeitersparnis (45 Minuten gegenüber 2 Stunden bei vorgepoolten Stammlösungen)2
1 Illumina Nextera XT Miniaturized on Biomek i5 Multichannel 384 & Echo 525 Liquid Handlers Nextera 21.08.2252 AUTO
2 High-throughput next-generation DNA sequencing of SARS-CoV-2 enabled by the Echo 525 Acoustic Liquid Handler, Fry Labs case study, 21.02.842.AUTO
Dargestellte Methode/Anwendung nur zu Illustrationszwecken, nicht von Beckman Coulter validiert. Beckman Coulter gibt keinerlei ausdrückliche oder stillschweigende Garantien in Bezug auf dieses Protokoll, einschließlich, jedoch nicht beschränkt auf Garantien der Eignung für einen bestimmten Zweck oder der Marktgängigkeit oder der Nichtverletzung von Rechten Dritter durch das Protokoll. Sämtliche Garantien werden ausdrücklich ausgeschlossen. Ihr Einsatz der Methode erfolgt ausschließlich auf eigene Verantwortung; Beckman Coulter übernimmt keine Haftung. Biomek und Echo Automated Workstations sind nicht zur Diagnose von Erkrankungen oder anderen Zuständen bestimmt oder validiert.
Die erwähnten Produkte sind nicht zur Verwendung in der Diagnostik bestimmt.
© 2021 Beckman Coulter, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Beckman Coulter, das stilisierte Logo und die hier genannten Beckman Coulter Produkt- und Dienstleistungsmarken sind Marken oder eingetragene Marken von Beckman Coulter, Inc. in den USA oder anderen Ländern. ECHO ist eine Marke oder eingetragene Marke von Labcyte Inc. in den USA und anderen Ländern. Labcyte ist ein Unternehmen von Beckman Coulter.
Alle übrigen Produktnamen und Marken sind Eigentum des jeweiligen Inhabers.
Talk To An Expert
Biomek Workstation Solutions for Genomic Applications
