Warsaw Genomics besteht aus talentierten Wissenschaftlern, deren Hauptaufgabe darin besteht, Fehler im menschlichen Genom für Krebs, Stoffwechsel- und seltene Krankheiten mithilfe moderner genetischer Analysewerkzeuge zu untersuchen.

Vor dem weltweiten Ausbruch von SARS-CoV-2 im Jahr 2020 konzentrierte sich die Warsaw Genomics auf seine Hauptaufgabe, die für Krebs, Stoffwechselkrankheiten und seltene Krankheiten beim Menschen verantwortlichen genomischen Fehler zu untersuchen. Sein Team von talentierten Wissenschaftlern setzt dabei moderne Instrumente der Genanalyse und der fortgeschrittenen Bioinformatik ein.

Die Pandemie hat jedoch zu einer Verschiebung der Prioritäten geführt. Im März erkannte Warsaw Genomics die rasch wachsende Nachfrage nach Virustests im Land des Unternehmenssitzes Polen und begann, seine Kapazitäten für die RNA-Analyse zu erweitern. Das Unternehmen wandte sich an Beckman Coulter Life Sciences mit der Bitte um Unterstützung, und die beiden Teams arbeiteten zusammen, um in nur wenigen Wochen eine Extraktionspipeline mit RNAdvance Viralchemie und Biomek-Automatisierung aufzubauen.

Wir haben Dr. Monika Kolanowska, Wissenschaftlerin und Laborteamleiterin bei Warsaw Genomics, interviewt, um über die Zusammenarbeit mit Beckman Coulter zu sprechen und darüber, wie sie die mit dem beschleunigten Upscaling verbundenen Herausforderungen bewältigt haben. Die erste große Herausforderung war der Durchsatz. Zu Beginn des Projekts setzte sich das Labor von Dr. Kolanowska das Ziel, 2.000 Extraktionen pro Tag durchzuführen. Selbst mit Wissenschaftlern, die rund um die Uhr arbeiten, war es unmöglich, dieses Ziel mit einem manuellen Ansatz zu erreichen. Eine automatisierte Lösung war von Nöten. Beckman Coulter empfahl die Verwendung des RNAdvance Virus-Extraktionskits, einer auf Beads basierenden chemischen Lösung, die die reversible Festphasen-Immobilisierung, auch SPRI-Technologie genannt, verwendet. Diese zeigte eine signifikante Übereinstimmung mit positiven und negativen SARS-CoV-2-Proben, und die Methoden dieser Technik lassen sich leicht automatisieren.

Im Vergleich zu einem bestehenden, im Labor verwendeten Extraktionskit zeigte RNAdvance Viral eine signifikant höhere Nachweisempfindlichkeit, wobei die Ct-Werte bei quantitativen PCR-Tests um 5 bis 10 Zyklen niedriger waren.

Beckman Coulter schlug auch die Verwendung von Biomek i5 Pipettierrobotern vor, um den Extraktionsprozess zu automatisieren. Die resultierende Lösung läuft mit minimaler Benutzerinteraktion und benötigt etwa 1 Stunde für die RNA-Extraktion aus 192 Proben. Mit Hilfe der Automatisierung ist das Labor in der Lage, „über den ganzen Tag den gleichen Zeitrahmen einzuhalten und infolgedessen mehr Proben täglich zu testen“, so Dr. Kolanowska. Dank dieser effizienten Pipeline gab Warsaw Genomics kürzlich bekannt, über Kapazitäten zur täglichen Verarbeitung von 3.500 viralen RNA-Proben des SARS-CoV-2-Virus zu verfügen.

Eine weitere Herausforderung, vor der Dr. Kolanowska und ihr Team standen, war der Aufbau einer automatisierten RNA-Extraktionspipeline von Grund auf in einem kurzen Zeitrahmen. Das Beckman-Team arbeitete mit Hochdruck an der Lösung dieses Problems, sodass die RNAdvance Virusextraktions-Kits und ein Biomek Pipettierroboter in nur wenigen Tagen geliefert und installiert werden konnte. Die erste Runde der Extraktionstests wurde innerhalb von drei Tagen nach der Installation des Instruments erfolgreich abgeschlossen.

Das Beckman-Support Team steht weiterhin mit Warsaw Genomics in Kontakt, sodass es schnell reagieren kann, wenn ein Bedarf besteht. Dr. Kolanowska sagt, dass sie „all die Hilfe und den Support wirklich zu schätzen weiß“ und zuversichtlich ist, dass sie „mit einer laufenden Partnerschaft mit Beckman Coulter Life Sciences alle möglichen aus dem Weg räumen werden“.

Angesichts dieser Erfahrung nannte Dr. Kolanowska als wichtigsten Aspekt, den Sie gelernt habe, es sei „zu verstehen, wie Biomek-Workstations für verschiedene Zwecke eingesetzt werden können. Jetzt verstehe ich besser die Spezifikationen unserer Biomeks und weiß, wie ich sie in Zukunft für verschiedene Ziele einsetzen kann“.

Beckman Coulter fühlt sich geehrt, ein Teil der wissenschaftlichen Community zu sein, die die aktuelle COVID-19-Pandemie bekämpft. Wir schätzen die Gelegenheit, mit Warsaw Genomics zusammenzuarbeiten, um eine hervorragende Lösung für die automatisierte RNA-Extraktion bereitstellen zu dürfen.

Wenn Sie mehr über Warsaw Genomics erfahren möchten, besuchen Sie bitte die Website des Unternehmens. Sie können außerdem mit seinen talentierten Wissenschaftlern auf LinkedIn in Kontakt treten.

Produktinformationen: Virale RNA-Extraktion-Reagenzienkits

Für Forschungszwecke und nicht für diagnostische Zwecke vorgesehen.

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