Apostle MiniMax™ Kit-Performance

Zellfreie DNA-Isolierung aus Plasma für die Flüssigbiopsie

Apostle MiniMax™ High Efficiency cfDNA Isolation Kit (Standard Edition) ist ein zellfreier DNA-Isolierungsreagenzien-Kit, der auf magnetischer Bead-Technologie basiert. Apostle MiniMax™ reinigt cfDNA aus menschlichem Plasma sowohl in manuellen als auch in automatisierten Arbeitsabläufen auf.

  • Ergebnisse von 1-5 ml Plasma-Probenmaterial
  • Kompatibel mit einer Vielzahl von Collection-Tubes
  • cfDNA-Reinheit, die sich nachweislich für PCR-basierte Downstreamapplikationen eignet

Plasma, aus einer Vielzahl von Collection-Tubes

Abbildung 1 (unten): Die DNA wurde aus 1 mL Plasma extrahiert, das in cfDNA Tube 1 und cfDNA Tube 2 unter Verwendung von Apostle MiniMax einem weiteren marktführenden säulenbasierten Kit (Kit A) gesammelt wurde. Die DNA wurde auch aus 1 mL Plasma in EDTA-Collection-Tubes mit Apostle MiniMax, einem weiteren marktführenden säulenbasierten Kit (Kit A) und einem zweiten säulenbasierten Kit (Kit B) extrahiert. Die DNA-Ausbeute wurde mit dem Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit (Thermo Fisher Scientific) quantifiziert. Die Fehlerbalken stellen die Standardabweichung von drei technischen Replikaten dar. Für jedes der drei Collection-Tubes extrahierte Apostle MiniMax eine höhere Gesamtausbeute an DNA. Die DNA-Größe wurde mit einem Agilent Bioanalyzer 2100 analysiert. Für alle drei Tube-Typen zeigen der Bioanlyzer Spuren an, dass die extrahierte DNA mit den erwarteten Größen der cfDNA (~170 bp) korreliert.

Genomische cfDNA-Ausbeute aus Plasma

Figure 1

 

Außergewöhnliche Reproduzierbarkeit

Abbildung 2 (unten): Die DNA wurde aus 1 mL Plasma extrahiert, das im cfDNA-Röhrchen 1 mit Apostle MiniMax™ und einem anderen Kit gesammelt wurde. Es handelt sich um technische Replikate, und beide Replikate, die mit Apostle MiniMax™ extrahiert wurden, sind genau gleich, während die mit Kit A extrahierte DNA zwei verschiedene Spuren aufweist. Die isolierte cfDNA wurde am Agilent Bioanalyzer 2100 charakterisiert; die Peaks bei 35 und bei 10380 entsprechen den internen Markern.

Reproduzierbarkeit der genomischen cfDNA aus Plasma

Figure 2

In Abbildung 3 (Datensatz A) wurde cfDNA aus 4 mL zellfreiem Plasma mit Apostle MiniMax (rote Kurve) und einem marktführendem säulenbasiertem Kit (blaue Kurve) isoliert. Die isolierte cfDNA wurde durch den Bioanalyzer 2100 charakterisiert. Im Datensatz B wurde cfDNA aus 20 mL zellfreiem Urin mit dem Apostle MiniMax (rote Kurve) und dem marktführenden Säulen-Kit (blaue Kurve) isoliert. Die isolierte cfDNA wurde durch den Bioanalyzer 2100 charakterisiert, wie durch höhere Peaks bei ~170bp angegeben. Die Spitzen bei 35 und 10380 entsprechen den internen Markern. Sowohl bei Plasma- als auch bei Urinproben übertraf Apostle MiniMax das wichtigste alternative Produkt.

Charakterisierung der genomischen cfDNA-Isolation

Figure 3

DNA-Mutationsnachweis und qPCR-Performance

In Abbildung 4 (unten links) wurde 20 μL eines 170 bp synthetischen DNA-Fragments, das die EGFR C2573T>G L858R-Mutation enthält, in 1 mL TE-Puffer (blau) oder Serum (rot) in Konzentrationen von 1 ng/µL bis 0,001 ng/µL gespiked. Apostle MiniMax™ wurde verwendet, um das Fragment zu isolieren: A) ist der Amplifikationsplot, der stark überlappende Kurven für das isolierte, mutierte DNA-Fragment, und die ursprüngliche DNA-Lösung in verschiedenen Konzentrationen zeigt, und B) quantifiziert die Menge an DNA, die Apostle MiniMax™ wiedergewinnen kann, eine qPCR-Standardkurve, die mit der ursprünglichen DNA erzeugt wurde. Die Wiederfindungsrate der DNA-Isolation wurde mit >90% berechnet. In Abbildung 5 (unten rechts) wurde die qPCR-Leistung zwischen Apostle MiniMax™ und einem anderen marktführenden Säulenbasierten Kit (Kit A) verglichen. Apostle MiniMax™ übertraf Kit A für DNA, die aus allen drei vorgestellten Probenröhrchen extrahiert wurde.

Genomics cfDNA Mutation Detection

Figure 4

Genomics cfDNA qPCR Performance

Figure 5

Die DNA-Ausbeute steigt mit dem Input-Volumen.

In Abbildung 6 (unten) wurde DNA aus 1, 3 und 5 mL Plasma extrahiert, das in EDTA-Röhrchen gesammelt wurde Apostle MiniMax™. Die DNA-Ausbeute steigt mit der Menge des Inputs, wenn man Apostle MiniMax™ benutzt. Die DNA-Ausbeute wurde mit dem Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit (Thermo Fisher Scientific) quantifiziert. Fehlerbalken stellen die Standardabweichung von drei technischen Replikaten dar.

Genomics cfDNA Yield Input Volume

Figure 6

Visueller Workflow

Apostle MiniMax Workflow genomischer cfDNA

  1. Plasma Lyse
  2. Bindung der cfDNA an magnetische Partikel
  3. Trennen der magnetischen Partikel von Verunreinigungen
  4. Waschen der magnetischen Partikel mit Waschlösung
  5. Waschen der magnetischen Beads mit der 2. Waschlösung.
  6. Eluieren der cfDNA von den magnetischen Partikeln

 

Produkte: Apostle MiniMax™ High Efficiency cfDNA Isolation Kit (Standard Edition)

Apostle MiniMax™ ist in drei Kit-Größen erhältlich, die auf Ihren Durchsatzbedarf abgestimmt sind:

TEIL # NAME PREPS
C40603 Apostle MiniMax™ 50
C40604 Apostle MiniMax™ 10
C40605 Apostle MiniMax™ Großband 50

 

Testen Sie Apostle MiniMax™

Test-Kit anfordern

Sind Sie an einem Musterkit interessiert? Testen Sie noch heute den Apostle MiniMax™ High Efficiency Cell-Free DNA Isolation Kit. Das Kit isoliert zellfreie DNA (cfDNA) aus Plasma, Serum und Urin und beruht auf Magnetpartikel basierter Technologie, die für NGS- und PCR-basierte Downstream-Anwendungen geeignet ist.

 

 

Beckman Coulter gibt keine Garantien jeglicher Art, weder ausdrücklich noch stillschweigend, in Bezug auf dieses Protokoll, einschließlich, aber nicht beschränkt auf Garantien der Eignung für einen bestimmten Zweck oder die Marktgängigkeit oder dass das Protokoll nicht rechtswidrig ist. Alle Garantien werden ausdrücklich abgelehnt. Die Verwendung der Methode erfolgt ausschließlich auf eigene Gefahr, ohne Regress auf Beckman Coulter. Nicht bestimmt oder validiert zur Verwendung für die Diagnose von Krankheiten. Dieses Protokoll dient nur zur Demonstration und ist nicht von Beckman Coulter validiert.

© 2019 Beckman Coulter, Inc. All rights reserved. Beckman Coulter, the stylized logo and the Beckman Coulter product and service marks mentioned herein are trademarks or registered trademarks of Beckman Coulter, Inc. in the United States and other counters. All other trademarks are the property of their respective owners.